Chado – Utilizando o postGreSQL no gerenciamento do conhecimento biológico em Bioinformática

By 14 de março de 2018Palestrante

A presente palestra pretende apresentar o Chado, um esquema de banco de dados relacional, desenvolvido em Postgres, que é amplamente utilizado para o gerenciamento do conhecimento biológico para uma grande variedade de organismos.


Nos últimos anos, o surgimento de novas tecnologias de alto rendimento, além da redução de custos nas áreas científicas e tecnológicas, permitiram que os biólogos gerassem enormes quantidades de dados que vão desde o sequenciamento completo de dados genômicos de diferentes organismos até a geração de imagens de alta qualidade de estruturas fisiológicas. Esse crescimento nos levou à era dos “grandes dados”, oferecendo oportunidades sem precedentes para as pesquisas científicas, mas também trazendo novos desafios para a mineração e análise dessas informações. Nesse período, as bases de dados biológicas tornaram-se ferramentas extremamente importantes no fazer científico, auxiliando pesquisadores na produção de novos medicamentos, na descoberta de relações básicas entre os organismos na história da vida e em sua evolução biológica, além do estudo de diferentes doenças ao redor do mundo. Entre os projetos para o desenvolvimento de bases de dados biológicas destacamos o Projeto Chado, um esquema de banco de dados relacional que é amplamente usado para gerenciar o conhecimento biológico para uma grande variedade de organismos, de humanos a agentes patogênicos, especialmente as classes de informações que, direta ou indiretamente, podem ser associadas a sequências de genoma ou aos produtos primários de DNA, RNA e proteínas codificadas por um genoma. Graças ao seu amplo desenvolvimento e sua comunidade, os bancos de dados biológicos que estejam em conformidade com este esquema conseguem interoperar uns com os outros, e com o conjunto de aplicativos do Generic Model Organism Database (GMOD), gerando estruturas de dados de fácil utilização pela comunidade de cientistas ao redor do mundo.

Nessa palestra pretendemos apresentar informações básicas sobre o projeto Chado, sobre o projeto GMOD e discutir alguns dos projetos de banco de dados biológicos já desenvolvidos ao redor do mundo e como a comunidade PostgreSQL pode ajudar nas pesquisas científicas para promover uma concepção de Open Science e Ciência Cidadã.

Assunto:
Casos de sucesso

Nível:
Básico

Fabiano Menegidio

São Paulo – SP

Bioinformata no Laboratório de Genômica Estrutural e Funcional do Núcleo Integrado de Biotecnologia da Universidade de Mogi das Cruzes. Doutorando e Mestre em Biotecnologia. Bacharel em Ciências Biológicas e Ciência da Computação. Experiência como administrador sênior de sistemas Linux, com sólidos conhecimento em virtualização, cloud computing e containerização. Atualmente, atuo com análises computacionais nas áreas das ÔMICAS (genômica, transcriptômica, metabolômica, proteômica e metagenômica). Também atuo na implementação de soluções de infra-estrutura e tecnologia focadas na reprodutibilidade e replicabilidade de pesquisas científicas e no desenvolvimento de conceitos como Open Science, Open Data e Bioinformatics as a Service.

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